1 kwietnia 1937 r. – Biskup Chełmiński Stanisław Okoniewski erygował parafię pw. Św. Antoniego na toruńskich Wrzosach. Dzielnica ta do tej pory podlegała pod parafię Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu. Pierwszym duszpasterzem był ks. Leon Dzienisz, który zginął śmiercią męczennika 16 września 1942 r zagazowany przez hitlerowskich najeźdźców w bunkrze. Podczas wojny opiekę duszpasterską nad wiernymi na powrót przejęła parafia Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Tam też znajdują się wpisy metrykalne z tego okresu.
Po wojnie, w 1946 r. reaktywowano parafię św. Antoniego. Proboszczem został ks. Wacław Grabowski, który sprawował duszpasterską posługę do 1958 r. Zastąpił go ks. kan. Franciszek Szmyt, który w 1986 r. odszedł na emerytalny wypoczynek. Funkcję proboszcza objął ks. mgr Bogdan Górski, który przez 18 lat stał na czele parafii i podjął trud wznoszenia nowej świątyni.
Kościół o kubaturze 240 m2 zbudowany w 1938 r. został częściowo zniszczony podczas wojny. Odbudowany po jej zakończeniu, z biegiem lat okazał się za mały wobec dynamicznie rozrastającej się dzielnicy. Zaszła więc konieczność budowy nowego Ośrodka Duszpasterskiego. Zadanie to Kuria Diecezjalna Chełmińska powierzyła l września 1986 r. ks. Bogdanowi Górskiemu.
Już wcześniej trwały prace projektowe nad nową świątynią i kompleksem budynków ośrodka mającego zabezpieczyć potrzeby osiedla domków jednorodzinnych przewidzianego na 15.000 osób. Architektura projektu to dzieło mgr. inż. arch. Czesława Sobocińskiego.
Program przewidywał budowę kaplicy codziennej Mszy św., sal katechetycznych, części mieszkalnej dla księży współpracowników oraz świątyni o kubaturze około 1000 m2.
22 czerwca 1933 r. tegoż roku poświęcono i wmurowano kamień węgiel ny i Akt Erekcyjny w cokół nowej świątyni. Dokonał tego Biskup Toruński Andrzej Wojciech Suski.
W październiku 2003 r. Ojciec Święty Jan Paweł II mianował ks. kan. Bogdana Górskiego swoim Kapelanem Honorowym. Rok 2004 rozpoczął się od stwierdzenia nieuleczalnej choroby ks. Proboszcza, który zmarł 30 stycznia 2004 r. Uroczystej eksporcie przewodniczył ks. bp Józef Szamocki wieczorem 2 lutego 2004 r. Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się 3 lutego o godz. 10.00. Przewodniczył im Biskup Toruński Andrzej Suski wspólnie z ks. bp. Andrzejem Śliwińskim. Koncelebrowało prawie 200 kapłanów, w Mszy św. uczestniczyły tłumy parafian. Zmarłego pochowano w krypcie przy kościele parafialnym, którego był budowniczym.
We Wielki Czwartek 7 kwietnia 2004 r. Biskup Toruński nowym proboszczem mianował ks. mgr. Wojciecha Miszewskigo, który uroczyście objął parafię w niedzielę 25 kwietnia 2004 r. podczas Mszy św. o godz. 13.00.
W kwietniu 2004 r. na skutek uchwały Rady Miasta Torunia parafia otrzymała grunt przeznaczony na powiększenie dotychczas istniejącego cmentarza parafialnego przy ul. Owsianej.
Do roku 2004 r. kościół został wybudowany w stanie surowym na zewnątrz i wymalowany w środku.
Kolejne lata to przede wszystkim prace wykończeniowe. Autorem projektu wnętrza naszej świątyni jest inż. Andrzej Ryczek mieszkający na stałe w USA. W kościele wyłożono marmurowo-granitową posadzkę, dokończono ławki, ołtarze: św. Antoniego, św. Barbary, św. Joanny Beretty Molla, św. Ojca Pio. Zrealizowano projekt prezbiterium obejmujący duży, świecący krzyż, figurę Jezusa Miłosiernego, ozdobne stalle, granitowy ołtarz główny, ambonkę, chrzcielnicę. 
Wykonano także: Drogę Krzyżową, stalle dla służby liturgicznej, epitafium pierwszego proboszcza ks. Leona Dzienisza zamordowanego w Dachau, mozaikę Matki Bożej z Madaby, zakupiono wielogłosowe organy elektroniczne, wymieniono nagłośnienie, wykonano drewniane rzeźby św. Jakuba, św. Józefa, św. Michała Archanioła. Także wykonano granitową płaskorzeźbę Jezusa w Ogrójcu. Zakupiono także kolejne szaty i paramenty liturgiczne. Kosztowną inwestycją było także wykonanie elewacji kościoła i domu parafialnego. Wokół kościoła wykonano ogrodzenie całej posesji kościelnej, wybudowano kaplicę Matki Bożej i pomnik „Błogosławieni miłosierni”, wyłożono większą część terenu wokół kościoła kostką granitową, częściowo położono granitowe schody do kościoła, posadzono ozdobną roślinność. Planowane zakończenie tych prac w roku 2011.
Wśród koniecznych inwestycji jest wybudowanie dzwonnicy.
